引起习惯性便秘的原因是多方面的，可以单独致病，亦可多种病因杂和致病。主要原因有以下几个方面：
1
心理因素情绪紧张，忧愁焦虑，注意力集中在某一工作，或精神上受到惊恐等强烈的刺激，导致皮层和自主神经紊乱，引起便意消失；再者如肛裂、肛周脓肿、肛瘘感染、痔疮等患者因恐惧排便引起疼痛、脱出、便血，常人为的控制排便，延长排便间隔的时间；抑郁性精神病和癔病，结肠过敏等，均可引起习惯性便秘。
2
胃肠道运动缓慢缺乏B族维生素，甲状腺功能减退，内分泌失调，营养缺乏等，可影响整个胃肠蠕动，使食物通过迟缓形成便秘。
3
肠道受到的刺激不足饮食过少或食物中的纤维素和水分不足，肠道受到的刺激不够，不能引起结肠、直肠的反射性蠕动，结果食物残渣在肠道内停留过久，水分被过分的吸收，大便干燥，排出困难。
4
排便动力缺乏手术损伤了肛门部肌肉（高位肛周脓肿、高位复杂性肛瘘等手术多见），年老体弱，久病卧床或产后体虚，致使膈肌、肛提肌收缩力减退，排便动力减退，发生便秘。
5
肠道应急性减弱腹泻以后，肠道内神经感觉细胞为对抗腹泻，保持正常的生理，常应激性降低排便活动引起便秘。尤其是长期应用刺激性泻药可降低肠壁神经感觉细胞反应性，致使不服用刺激性泻药或灌肠就难以排便，使其成瘾，形成依赖刺激泻药的顽固性便秘。
6
铅、汞、磷、砷等中毒服用碳酸钙、氢氧化铝、阿托品、鸦片等药物，直接或间接影响肠蠕动导致便秘。
7
水电解质平衡失调失血、发热、呕吐、腹泻引起脱水，机体代偿性的吸收粪便中的水分引起便秘。
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