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因为便秘是一个非常复杂的问题，所以对便秘的诊断过程也非常复杂，为了更好地明确诊断和及时治疗，权威的医学部门制定了诊断流程，如便秘诊治的三级分流。
第一级诊治分流：
适用于多数轻、中度慢性便秘患者。首先应详细了解有关病史，体检，必要时做肛门直肠指检，应做常规粪检（包括隐血试验），以决定采取经验性治疗或进一步检查。如患者有警示征象，怀疑有器质性病变，万其是直、结肠仲瘤，过度紧张焦虑，以及40岁以上者，需做进一步检查，包括生化、影像学和（或）结肠镜检查以明确病因，并做相应处理。否则可选用经验治疗，并根据便秘特点，进行为时2~4周的经验治疗，并选用膨松药或渗透性通便药。如治疗无效，必要时加大剂量或联合用药；如有粪便嵌塞，宜注意清除直肠内存积的粪便。
第二级诊治分流：
主要对象是经过进一步检查未发现器质性疾病的患者，以及经过经验治疗无效的患者，可进行胃肠会尽输试验和（或）肛门直肠测压，确定便秘类型后进一步治疗，对有出口梗阻性便秘的患者，选用生物反馈治疗及加强心理认知治疗。
第三级诊治分流：
主要的对象是那些对第二级诊治分流无效的患者。应对慢性便秘重新评估诊治，注意有无特殊原因引起的便秘，尤其是便秘密切相关的结肠或肛门直肠结构异常，有无精神心理问题，有无不合理的治疗，是否已经改变不合理的生活方式等，进行定性和定位诊断。这些患者多半是经过多种治疗疗效不满意的顽固性便秘患者。需要进一步安排特殊检查，甚至需要多学科包括心理学科的会诊，以便决定合理的治疗方案。
就诊前患者要准备哪些资料？医生在诊断便秘的过程中，首先要了解清楚患者便秘的病史，这样对便秘的诊断有重要的意义，因此，患者在就诊前要准备一些素材告诉医生，对医生的诊断会有很大的帮助。
1.排便频度：也就是排便次数，包括每天排便次数，每周排数或几天排便一次，一天排便几次等。
2.粪便性质就是每次排出粪便的性质和数量。
3.排便时间如起床后、早饭前、早饭后、午饭前、午饭后、晚饭前、晚饭后、睡前、无规律等。
4.排便持续时间指每次排便所用的时间，一般指的几分钟，并包括每一个粪块排出时间，最后一个粪块排出的时间。有的患者并非排便时间长，而是蹲厕所时间长，也就是说排便完成以后仍然蹲厕或看书报。
5.排便困难情况排便是否费力，费力的程度，采取何种措施，如自然排出，还是需要使用开塞露，或灌肠、洗肠、服用泻药，甚至手法协助，如用手抠或从阴道内挤压等。
6.便秘发生时间第一次出现便秘的时间，已经持续的时间，间断发生的时间，加重的过程和诱因。
7.发病的情况急性与慢性等。
8.伴随症状消化道其他症状，如腹痛、腹胀、恶心、呕吐；肛门部症状，如便血、肛门疼痛、肛门脱出、肛门瘙痒、肛门肿物等；全身症状，如发热、乏力、贫血。
9.用药史首先是使用泻药的病史，用药的原因，如是治疗便秘，还是减肥或排毒等，是自行用药，还是遵医嘱用药；所用的药物，服用的时间，剂量，持续的时间等，其次是服用其他药物情况，如病因中提到的各种药物。
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